HACCP不是一个单独运作的系统。在美国的食品安全体系中，HACCP是建立在GMPs和SSOPs基础之上的，并与之构成一个完备的食品安全体系。

HACCP体系更重视食品企业经营活动的各个环节的分析和控制，使之与食品安全相关联。例如从经营活动之初的原料采购、运输到原料产品的储藏，到生产加工与返工和再加工、包装、仓库储放，到 危害分析与关键点控制，涉及到的企业生产活动的各个方面，如采购与销售、仓储运输、生产、质量检验等等，为的是在经营活动可能产生的各个环节保障食品的安全。

另外HACCP认证还要求企业有一套召回机制，由企业的管理层组成一个小组，必须要有相关人员担任总协调员（HACCP Coordinator）对可能的问题产品实施紧急召回，最大限度保护消费者的利益。