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10xGenomics Chromium单细胞转录测序系统
- 一个系统，一套工作流程，强大的测序应用 10xGenomics公司推出了最新的Chromium™系统。利用上千万独特的DNA序列标记的GEMs，Chromium™系统可揭示重要的基因组信息。
1、全功能仪器10xChromiumController具有可伸缩的托盘和触屏界面，占用空间极小，不超过1平方英尺，却能够高效的将10万到100万次的移液步骤自动化，采用先进的微流控系统，高通量的对样品进行分离并带上序列标签，最终达到高通量检测的目的。10xChromiumController可以进行基因组的分析，同时可以进行单细胞水平的功能分析。
2、单细胞仪器10xChromiumSingleCellController具有可伸缩的托盘和触屏界面，占用空间极小，不超过1平方英尺，却能够高效的将10万到100万次的移液步骤自动化，采用先进的微流控系统，高通量的对样品进行分离并带上序列标签，达到高通量检测的目的。10xChromiumSingleCellController只可以进行单细胞水平的功能分析。
产品优势：
提升组装参数：结合该技术的组装效果较单独使用Illumina数据最高可提升十几倍；
测序平台通用性：应用该技术构建的文库可与Illumina测序系统完美匹配；
分子片段长：分析可将短Reads组装成长达50-100Kb的linked-reads；
单倍体分析：可实现染色体级别Phasing，获得精确的单体型信息。
技术原理：
1.将样本分配到100,000s到1000,000s微反应体系，每个微反应体系含有一种特定的DNA序列标记。
2.含有barcode信息的凝胶珠子首先与样品和酶的混合物混合，然后与位于微流体“双十字”连接中的油表面活性剂溶液结合。
3.GEMs (包含样品、酶、凝胶珠子的混合物油滴）流到储液器中并进行收集。凝胶珠子溶解释放barcode序列，开始对样本进行标记。将每个液滴中含有barcode信息的产物混合。然后构建标准测序文库。
应用方向：
1.基因组组装：利用GemCode平台对长片段序列进行扩增引入barcode序列以及测序接头引物，然后将序列打断成适合测序大小的片段进行测序，通过barcode序列信息将多个Reads进行组装，获得跨度在30-100Kb的linked-reads信息，从而获得大片段的遗传信息。
优势：
通过该技术构建的文库可与Illumina测序系统完美匹配，将短Reads组装成长达100Kb的片段；
结合该技术后组装效果较单独使用Illumina数据最高可提升十几倍；
精度高、成本低，操作难度小。
2.单细胞转录组测序：基于10x Genomics最新Chromium™系统利用油包水的微反应体系，通过序列标签区别群体中的不同细胞，获得单细胞水平的数字化基因表达谱，可实现数千甚至数万个单细胞群体分析，解决常规scRNA-seq方法在通量或扩展性方面存在的不足，为单细胞研究开拓新的思路。
优势：
超高通量：单个样本细胞检测数最高可达1000-10000；
项目周期短：一天内即完成从细胞悬液到cDNA文库构建所有的测序准备工作；
细胞捕获效率高：单个细胞捕获效率高达65%，可准确鉴别稀有细胞类型；
真正的单细胞测序：通过油滴-barcode-单细胞的对应关系，实现真正意义上的单细胞测序；
测序平台兼容度广：与Illumina各种型号的平台高度兼容。
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